Нова зброя для діагностики туберкульозу та виявлення резистентності до лікарських засобів: цільове секвенування нового покоління (TNGS) у поєднанні з машинним навчанням для діагностики гіперчутливості туберкульозу
Звіт про літературу: CCA: Діагностична модель на основі TNG та машинного навчання, яка підходить для людей з меншим бактеріальним туберкульозом та туберкульозним менінгітом.
Назва дипломної роботи: Туберкульозне цільове секвенування наступного покоління та машинне навчання: ультрачутлива діагностична стратегія для пацифічних легеневих трубчастих та трубчастого менінгіту.
Періодично: 《Clinica Chimica Acta》
Якщо ： 6,5
Дата публікації: січень 2024 року
У поєднанні з Університету Китайської академії наук та Пекінської лікарні грудної клітки капітального медичного університету, макро та мікротест встановили модель діагностики туберкульозу на основі технології нового покоління цільового секвенування (TNGS) та методу машинного навчання, що забезпечило ультра-високий Чутливість виявлення туберкульозу з невеликими бактеріями та туберкульозним менінгітом, забезпечила новий метод діагностики гіперчутливості для клінічної діагностики двох типів туберкульозу та допомогло точному діагнозу, виявленню стійкості до лікарських засобів та лікуванням туберкульозу. У той же час встановлено, що кфДНК пацієнта в плазмі крові може використовуватися як відповідний тип вибірки для клінічної вибірки в діагностиці ТБМ.
У цьому дослідженні 227 зразків плазми та зразки спинномозкової рідини були використані для встановлення двох клінічних груп, в яких для встановлення діагнозу діагностики діагностики лабораторних діагностичних груп використовувались модель машинного навчання туберкульозу, а для перевірки встановленого зразків клінічних діагностичних груп було використано для перевірки встановленого Діагностична модель. Всі зразки вперше були націлені спеціально розробленим цільовим пулом зондів для захоплення для Mycobacterium tuberculosis. Потім, виходячи з даних про секвенування TB-TNGS, модель дерева рішень використовується для виконання 5-кратної перехресної перевірки на наборах тренувань та валідації лабораторної діагностичної черги, а діагностичні пороги зразків плазми та зразки цереброспінальної рідини. Отриманий поріг вводиться у два тестові набори черги клінічної діагностики для виявлення, а діагностична ефективність учня оцінюється за кривою ROC. Нарешті, була отримана модель діагнозу туберкульозу.
Рис. 1 Схематична схема дослідницької конструкції
Результати: Згідно з специфічними порогами зразка ДНК CSF (AUC = 0,974) та зразка CFDNA в плазмі (AUC = 0,908), визначених у цьому дослідженні, серед 227 проб, чутливість зразка CSF становила 97,01%, специфічність становила 95,65%та Чутливість та специфічність зразка плазми становили 82,61% та 86,36%. В аналізі 44 парних зразків ДНК CFDNA в плазмі та спинномозковій рідині у хворих на ТБМ діагностична стратегія цього дослідження має високу консистенцію 90,91% (40/44) у плазмі крові CFDNA та ДНК спинноброспінальної рідини, а чутливість становить 95,45% (42/44). У дітей з легеневим туберкульозом діагностична стратегія цього дослідження більш чутлива до зразків плазми, ніж результати виявлення Xpert зразків шлункового соку у тих самих пацієнтів (28,57% проти 15,38%).
Рис. 2 Продуктивність моделі діагностики туберкульозу для зразків популяції
Рис. 3 Діагностичні результати парних зразків
Висновок: У цьому дослідженні було встановлено гіперчутливий діагностичний метод туберкульозу, який може забезпечити діагностичний інструмент з найвищою чутливістю до виявлення для клінічних пацієнтів з олігобакіллярним туберкульозом (негативна культура). Виявлення гіперчутливого туберкульозу на основі плазмової кфДНК може бути підходящим типом вибірки для діагностики активного туберкульозу та туберкульозного менінгіту (зразки плазми легше зібрати, ніж цереброспінальна рідина для пацієнтів, підозрюваних у туберкульозі мозку).
Оригінальне посилання: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? через%3dihub
Коротке впровадження продуктів виявлення серії Macro & Micro-Test Tuberculosis
З огляду на складну вибіркову ситуацію пацієнтів з туберкульозом та різних потреб, макро та мікротест забезпечує повний набір рішень NGS для вилучення зрідження з зразків мокротиння, побудови бібліотеки Qualcomm та аналізу даних та аналізу даних. Продукти охоплюють швидку діагностику хворих на туберкульоз, виявлення резистентності до лікарських засобів туберкульозу, типізацію туберкульозу мікобактерії та НТМ, діагностика гіперчутливості бактерій-негативного туберкульозу та туберкульозних людей тощо.
Серійні набори для виявлення туберкульозу та мікобактерій:
| Пункт ні | Назва товару | Вміст тестування продуктів | Тип зразка | застосовна модель |
| HWTS-3012 | Зразок вивільнення агента | Використовується при лікуванні зрідження зразків мокротиння, отримав першокласний рекорд, Sutong Machinery Equipment 20230047. | мокрота | |
| HWTS-NGS-P00021 | Комплект для виявлення кількості Qualcomm для гіперчутливого туберкульозу (метод захоплення зонда) | Неінвазивна (рідка біопсія) виявлення гіперчутливості для бактерій, негативних легеневих туберкульозів та вузликів мозку; Зразки людей, які підозрюються, заражені туберкульозом або неуберкульозними мікобактеріями, були проаналізовані за допомогою метагеноміки високої глибини, а інформація про виявлення туберкульозу чи неуберкульозного мікобактерії та головного інформації про стійкість до наркотиків мікобактерій Туберкульоз були надані. | Периферична кров, альвеолярна промираюча рідина, гідроторакс та асцит, зразок проколу фокусування, спинномозкова рідина. | Друге покоління |
| HWTS-NGS-T001 | Комплект Mycobacterium та комплект для виявлення стійкості до лікарських засобів (метод послідовності мультиплексного ампліфікації) | Тест на друкінг Mycobacterium, включаючи MTBC та 187 NTM；Виявлення резистентності до лікарських засобів мікобактерії туберкульозу охоплює 13 препаратів та 16 основних мутаційних місць генів резистентності до лікарських засобів. | Мокрота, альвеолярна промивна рідина, гідроторакс та асцит, зразок проколу фокусування, спинномозкова рідина. | Подвійна платформа другого/третього покоління |
Основні моменти: HWTS-NGS-T001 MyCobacterium Typing та набір для виявлення резистентності до лікарських засобів (метод мультиплексної ампліфікації)
Введення продукту
Продукт заснований на основних препаратах першої та другої лінії, описаних у настановах щодо лікування туберкульозного туберкульозу, макролідів та аміноглікозидів, які зазвичай використовуються в рекомендаціях щодо лікування NTM, а місця резистентності до лікарських засобів охоплюють всю групу місць, пов'язаних з наркотиками, у місцях, що стосуються наркотиків, у Каталог складних мутаційних мутацій Mycobacterium tuberculosis, а також інші повідомлені гени резистентності до лікарських засобів та сайти мутації відповідно до дослідження та статистики високого рівня літератури вдома та за кордоном.
Ідентифікація набору тексту ґрунтується на штамах NTM, узагальнених у рекомендаціях NTM, опублікованих китайським журналом туберкульозу та дихальних захворювань та консенсусом експертів. Розроблені праймери для введення тексту можуть посилювати, послідовність та анотати понад 190 нтм видів.
Завдяки цілеспрямованій технології ампліфікації мультиплексної ПЛР генотипінг гени та стійкі до лікарських засобів гени мікобактерії ампліфікували за допомогою мультиплексної ПЛР, і було отримано комбінацію амплікону генів-мішеней. Ампліфіковані продукти можуть бути побудовані в бібліотеках секвенування високої пропускної здатності другого покоління або третього покоління, і всі платформи секвенування другого покоління та третього покоління можуть бути піддані високій глибинній секвенуванні для отримання інформації про послідовність генів-мішеней. Порівнюючи з відомими мутаціями, що містяться у вбудованій еталонній базі даних (включаючи каталог мутації комплексу Mycobacterium tuberculosis та його взаємозв'язок з резистентністю до лікарських засобів), були визначені мутації, пов'язані з стійкістю до лікарських засобів або сприйнятливістю проти туберкульозних препаратів. У поєднанні з розчином для обробки зразків для самостійної мокроти макро та мікро-тесту, проблема низької ефективності ампліфікації ампліфікації нуклеїнової кислоти клінічних зразків мокротиння (в десять разів більша, ніж традиційні методи), було вирішено безпосередньо застосовується до зразків клінічної мокроти.
Діапазон виявлення продуктів
34гени, пов'язані з наркотиками18антитуберкульозні препарати та6Виявлено наркотики NTM, покриваючи297Місця стійкості до наркотиків; Десять видів мікобактерії туберкульозу і більше ніж190Видали види NTM.
Таблиця 1: Інформація про 18+6 препаратів+190+NTM
Перевага продукту
Сильна клінічна пристосованість: зразки мокротиння можна безпосередньо виявити за допомогою агента само-лікефакції без культури.
Експериментальна операція проста: перший раунд операції з посиленням простий, а будівництво бібліотеки завершено за 3 години, що підвищує ефективність роботи.
Комплексне введення та резистентність до наркотиків: охоплення сайтів набору та стійкості до наркотиків MTB та NTM, які є ключовими моментами клінічного занепокоєння, точного введення введення та виявлення резистентності до лікарських засобів, підтримуючи незалежне програмне забезпечення для аналізу та генеруючи звіти про аналіз одним клацанням.
Сумісність: сумісність продукту, адаптація до основних платформ ILM та MGI/ONT.
Специфікація продукту
| Код товару | Назва товару | Платформа виявлення | специфікація |
| HWTS-NGS-T001 | Комплект Mycobacterium та набір для виявлення резистентності до лікарських засобів (метод мультиплексного ампліфікації) | Ont 、 illumina 、 mgi 、 salus pro | 16/96rxn |
Час посади: 23-2024 січня