Нещодавнє дослідження, опубліковане вМікробіомпровели вірусний метагеномний аналіз 846 диких дрібних ссавців, включаючи кажанів, гризунів та землерийок, зібраних у Сьєрра-Леоне, Західна Африка. У дослідженні було виявлено загалом 39 РНК-вірусів, асоційованих зі ссавцями, включаючи 26 нових та 13 раніше відомих вірусів. Серед них родина Paramyxoviridae демонструвала найбільшу різноманітність, тоді як гризуни мали найбільшу кількість вірусних видів (n = 26).
Оцінка зоонозного ризику виявила три відомі зоонозні віруси — вірус енцефаломіокардиту, вірус Ласса та Rocahepevirus sp. — а також три віруси з потенційним ризиком поширення: вірус Меліан, вірус гепатиту гризунів та Hunnivirus A. Примітно, що серед нещодавно виявлених вірусів Batledantevirus 2 продемонстрував найтісніший філогенетичний зв'язок з вірусом Le Dantec, що вражає людину. Серологічний аналіз також виявив нейтралізуючі антитіла проти цього вірусу у 2,8% місцевих жителів, що свідчить про попередній, ймовірно, невиявлений, контакт з людиною.
Ці висновки підкреслюють наявність значного резервуару вірусу, в якому переважно переважають гризуни, у Західній Африці та критичну важливість інтегрованих стратегій спостереження на інтерфейсі людина-тварина. Поєднання метагеномного скринінгу із серологічною валідацією забезпечує надійну основу для виявлення вірусів із зоонозним потенціалом та потенціалом поширення.
Протягом останнього десятиліття понад 60% нових інфекційних захворювань у людей походять від тваринних резервуарів, причому кажани, гризуни та землерийки визнані основними носіями зоонозних вірусів. Африка широко вважається гарячою точкою зоонозних захворювань. Наприклад, у Сьєрра-Леоне було зареєстровано понад 28 000 випадків під час спалаху лихоманки Ебола 2014–2016 років.
Незважаючи на значний тягар зоонозних захворювань у цьому регіоні, різноманітність та поширення вірусів у диких дрібних ссавців залишаються недостатньо вивченими. Щоб усунути цю прогалину, дослідники провели систематичний аналіз віромів 846 диких дрібних ссавців, відловлених у трьох місцях у Сьєрра-Леоне між 2018 і 2023 роками. Дослідження мало на меті охарактеризувати вірусне різноманіття, виявити кандидатів з потенціалом міжвидової передачі, оцінити зоонозний ризик та зібрати докази для підтримки систем раннього попередження про нові інфекційні захворювання.
Основні методи
У дослідженні було застосовано комплексний робочий процес вірусної метагеноміки:
- Обробка зразків:Тканини серця, печінки, селезінки, легень та нирок були зібрані, об'єднані, гомогенізовані та піддані екстракції тотальної РНК.
- Послідовність та складання:Деплецію рибосомної РНК проводили перед створенням бібліотеки, а потім проводили високопродуктивне секвенування за допомогою платформи Illumina NovaSeq 6000. Вірусні контиги збирали de novo.
- Ідентифікація вірусу:Віруси були ідентифіковані на основі вирівнювання генів РНК-залежної РНК-полімерази (RdRp). Були збережені лише віруси, пов'язані з хребетними, за винятком бактеріальних, грибкових та рослинних вірусів.
- Біоінформатичний аналіз:Було проведено філогенетичну реконструкцію, рекомбінаційний аналіз, моделювання міжвидової мережі передачі та оцінку зоонозного ризику.
- Серологічна валідація:Для вірусу кажанів типу 2 було розроблено аналіз нейтралізації псевдовірусу на основі VSV. Нейтралізуючі антитіла були виявлені у 2,8% сироваток крові людини, що свідчить про потенційну зоонозну передачу.
ВивченняРезультати
1. Відкриття та різноманітність вірусів
У цьому дослідженні було проведено транскриптомний аналіз секвенування 846 диких тварин, зібраних у Сьєрра-Леоне, включаючи гризунів, кажанів та землерийок. На основі повних послідовностей генів РНК-залежної РНК-полімерази (RdRp) було ідентифіковано загалом 39 РНК-вірусів, асоційованих зі ссавцями, включаючи 13 раніше відомих вірусів та 26 нових вірусів.
Щодо вірусного складу, родина Paramyxoviridae продемонструвала найвищий рівень різноманітності серед усіх трьох рядів господарів, далі йдуть Astroviridae та Picornaviridae. Щодо розподілу господарів, гризуни забезпечили найбільше вірусне різноманіття, носячи загалом 26 видів вірусів, що вказує на їхню важливу роль як резервуарів вірусного різноманіття в регіоні.
2. Зоонозний ризик
Оцінка зоонозного ризику виявила три відомі зоонозні віруси: вірус енцефаломіокардиту, вірус Ласса та види Rocahepevirus. Крім того, три віруси — вірус Меліана, вірус гризунового гепатиту та Hunnivirus A — були визначені як такі, що мають потенційний ризик поширення.
Серед 26 нещодавно виявлених вірусів чотири, на основі філогенетичних та геномних характеристик, мали високий зоонозний потенціал. Примітно, що Batledantevirus 2 продемонстрував найтісніший філогенетичний зв'язок з відомим вірусом Le Dantec, що вражає людину.
Подальші серологічні дослідження додатково підтвердили цей висновок, оскільки нейтралізуючі антитіла проти вірусу кажанів 2 були виявлені у 2,8% сироваток крові місцевих жителів. Цей результат свідчить про те, що нерозпізнані або безсимптомні інфекції вже могли мати місце серед людей, що вказує на потенційний, але раніше невиявлений шлях передачі зоонозів.
3. Динаміка міжвидової передачі
Аналіз міжвидової передачі показав, що гризуни займають центральне місце в мережі обміну вірусами, діючи як ключові вузли, що сприяють вірусному обміну між видами господарів. Загалом було ідентифіковано 15 вірусів, які мають потенціал для міжвидової передачі.
Подальший аналіз моделей міжпорядкової передачі показав, що обмін вірусами відбувався частіше серед господарів в межах одного таксономічного порядку, що свідчить про важливу роль спорідненості господарів у динаміці передачі. Натомість, кажани демонстрували відносно нижчу здатність до міжпорядкової передачі.
Важливо, що у деяких вірусів спостерігалися ознаки розширення діапазону хазяїв. Наприклад, вірус Меліан, який раніше вважався специфічним для землерийок, також був виявлений у гризунів у цьому дослідженні, що вказує на потенційну зміну адаптивності хазяїна та підвищений ризик ширшої передачі.
Висновки та наслідки для громадського здоров'я
- Висока різноманітність вірому у диких дрібних ссавців:Відкриття 39 РНК-вірусів, включаючи 26 нових видів, виявляє великий резервуар вірусів у регіоні та вперше повідомляє про нові віруси з високим зоонозним потенціалом (наприклад, Batledantevirus 2).
- Гризуни як пріоритетні цілі спостереження:Гризуни виступають ключовими центрами передачі вірусу та є носіями найбільшого вірусного різноманіття, що становить найбільший ризик поширення.
- Потреба в інтегрованих стратегіях спостереження:Отримані результати підтверджують пріоритетність гризунів у програмах активного спостереження та впровадження інтегрованих підходів, що поєднують метагеноміку, серологію та екологічний моніторинг на межі взаємодії людини та дикої природи.
Загалом, це дослідження надає критично важливі докази на підтримку систем раннього попередження та структур оцінки ризиків для нових зоонозних захворювань, підкреслюючи важливість проактивного спостереження в регіонах високого ризику.
Інформація про продукт
Час публікації: 23 березня 2026 р.